فيلسوفانه بر تلقّيهاى دينى مرسوم افزود . شاگرد برجستهء او ، ملّا محسن فيض كاشانى ، اگرچه در پايان كار راهى جز راه استاد برگزيد و پيرو مقيّد انديشه‌هاى ملّا صدرا نشد ، تا حدودى همين نگاه را پذيرفت و آثارى از دست آثار ملّا صدرا پرداخت و افكارى از دست افكار او درافكند . شيخ يوسف بحرانى در لؤلؤة البحرين در ياد كرد فيض اشاره مىكند كه وى بر اثر شاگردى نزد صدر المتألّهين گرايش صوفيانه يافت و ازاين‌رو كتابهاى اعتقادى و كلامى او بر پايهء آراى صوفيّه و فلاسفه نگاشته شده است . 52 طبيعى بود كه مثنوى و مولانا به عنوان متصوّف سنّى مذهب ، در دورهء صفوى و در هنگامهء روندهاى اجتماعى - فرهنگى آن عصر و پس از آن ، با موضعگيريهاى گوناگونى روياروىْ گردند . بىترديد در مثنوى رگه‌ها و سخنانى سنّيانه هست كه انكارپذير نيست . حتّى كسانى كه مولانا جلال الدّين را شيعى و يك متشيّع مطلق ناب پنداشته‌اند ، دست كم ، محملى چون تقيّه ، براى اين رگه‌هاى سنّيانه نشان داده‌اند . در عصر صفوى كه فتواها و رفتارهاى زنندهء برخى فقيهان حنفى و شافعى 53 در مورد اهل تشيّع ، لا اقل در قلمرو اقتدار حكومت شيعه ستيز عثمانى ، احساسات شيعيان را بر مىانگيخت ، و از ديگر سو برخى انديشه‌هاى تند و ستيزآميز هم از درون جامعهء شيعه تبليغ و ترويج مىشد ، طبيعى است كه تحمّل سنّىمآبى مثنوى براى گروهى از دانشمندان زمان دشوار گردد . افزون بر اين ، مثنوى از مامنامه‌هاى تصوّف در جهان اسلام ، و - خصوصا در روزگار محلّ گفتگوى ما - مدار عنايت و اهتمام خانقاهيان و صوفيان ايرانشهر بوده است ؛ پس طبيعتاً گوشه‌هائى از نزاع شريعتمداران و صوفيان را به خويش متوجّه مىسازد . از روزگار فرمانروائى صفويان تاكنون ، بسيارى از شريعتمداران و دستاربندان دربارهء مذهب صاحب مثنوى گفته و نوشته‌اند ، و در نهايت ، چه او را شيعى گرفته باشند و چه سنّى ، دربارهء مشرب صوفيانه و آموزش‌ها و انديشه‌هاى وى نيز گفتگو كرده‌اند .